FDA запустило масштабный проект для быстрого тестирования микробных инфекций

В США стартовал проект по расшифровке 100 тысяч геномов пищевых и передающихся через воду патогенов. Спустя пять лет в открытой базе данных должны появиться сведения о полных геномах таких бактерий как сальмонелла, листерия, кишечная палочка, а также наиболее распространенных вирусов. Кроме того, здравоохранение получит "дорожную карту" по их оперативной идентификации.

Лаборатория профессора Барта Веймера. Фото с сайта comstocksmag.com /

1 минута

Управление по продуктам и лекарствам (FDA) США в сотрудничестве с Калифорнийским университетом в Дэвисе и компанией Agilent Technologies запустили проект "100 тысяч геномов" (100K Genomes), сообщает GenomeWeb Daily News.

В числе исполнителей проекта также Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) и Министерство сельского хозяйства (USDA).

Реализация проекта предполагает чтение геномов целевых микроорганизмов с использованием новейшей "Технологии секвенирования следующего поколения" (Next-Generation Sequencing), которая отличается высокой пропускной способностью и точностью. Большая часть собранных бактериальных геномов будет представлена в виде черновых вариантов, которые будут сопоставляться с избранными полногеномными референсными последовательностями. Целью такого анализа является выделение генетических маркеров, связанных с определенными важными патогенными признаками.

Проект рассчитан на пять лет, полученные данные будут переданы в открытую базу данных Национального центра биотехнологической информации при Национальных институтах здоровья в Бетесде. Как сообщают представители Калифорнийского университета, речь идет, в частности, о геномах таких патогенов как Salmonella, Listeria и Escherichia coli.

Наряду с получением 100 тысяч геномов бактерий и вирусов предполагается разработка "дорожной карты", которая позволит разрабатывать тесты для идентификации патогенов и устанавливать их происхождение быстрее, чем это делается сейчас. Используя такую базу данных ученые смогут создать новые методы контроля распространения болезнетворных бактерий в пищевой цепи.

Руководство проектом возложено на Барта Веймера (Bart Weimer), профессора факультета ветеринарии Калифорнийского университета в Дэвисе.

По словам Веймера, "становится все яснее и яснее тот факт, что живучесть микробных патогенов и их способность проникать в пищевую цепь обусловлены генетической пластичностью, которая позволяет им проспосабливаться к любому окружению". "Отсутствие информации о геномах бактерий, имеющих отношение к продуктам питания, лишает ученых возможности обеспечить людей безопасным питанием", - добавляет он.

Барт Веймер считает, что данные проекта "100 тысяч геномов" сделают диагностические тесты быстрыми, точными и экономичными".

Предусмотренное проектом секвенирование будет проводиться в Калифорнийском университете, который в прошлом году заключил соглашение о совместном выполнении крупных работ по расшифровке ДНК и функциональной геномике с Пекинским институтом геномики (BGI).

FDA предоставит более 500 полногеномных "черновых" последовательностей ДНК сальмонеллы, а также тысячи штаммов пищевых патогенов и биоинформатическую поддержку. CDC будет проводить экспертизу патогенов, передающихся с пищей и водой, чьи геномы предстоит расшифровать.