Фекальные образцы указали на сходство микрофлоры древних людей и детей в африканских селах

Археологические образцы человеческих фекалий, которым более тысячи лет, свидетельствуют о том, что древние микробиомы имеют больше сходства с микробиомами современных людей, живущих в удаленных сельских районах, чем с микрофлорой кишечника горожан, сообщает GenomeWeb.

Полностью исследование группы ученых под руководством Сесиль Льюис (Cecil Lewis) из Университета Оклахомы опубликовано в онлайн-журнале PLoS One.

По мнению авторов, чем полнее представления о составе микробиома предкового кишечника, тем лучше можно оценить не только его эволюцию, но и влияние атрибутов современного образа жизни на микрофлору желудочно-кишечного тракта, а также возможную связь этих изменений с развитием заболеваний.

"Общепринято, что современные антисептики и антибиотики приносят пользу, но расплачиваться за это приходится естественным развитием нашей иммунной системы через изменение устоявшихся в древности взаимодействий с микробами", - заявляет Сесиль Льюис. В то же время, как отмечает исследовательница, "оставалось неясным, каким было состояние предкового микробиома".

В опубликованной Льюис с соавторами статье показано, что копролиты (ископаемые экскременты) человека пригодны для получения информации о предковом микробиоме и происходящие со временем  деградация и загрязнение древних биологических образцов им не угрожают.

Определив последовательность специфического участка (V3) одного из типов рибосомальной РНК (16S rRNA),характерной для микробов, в человеческих фекалиях из археологических раскопок на юго-западе США, на севере Чили и на севере Мексики, ученые провели сравнительный анализ генетики микрофлоры, населявшей организм человека в разное время. Образцам из США было восемь тысяч лет, образцам из Чили и Мексики – 1600 и 1400, соответственно. Данные, полученные для этих образцов, сопоставлялись с известными данными по микробиомам кишечника, включая данные альпийского охотника Отци (Ледяного человека), современных людей, живущих в городах США и удаленных деревнях в Африке, а также микробных сообществ почв и компоста.

Оказалось, что микробиом копролитов из раскопок в Мексике очень близок микрофлоре кишечника детей, живущих в африканских селениях, тогда как микробиом чилийских копролитов имеет сходство с микробным сообществом в компосте.  Микробиом альпийского охотника, погибшего во льдах более пяти тысяч лет назад, близок микробиому кишечника детей в удаленных районах Африки.

Исследователи не исключают, что мексиканские образцы были детскими, поскольку в одном из них идентифицирован род Bifidobacterium,присутствующий у детей, находящихся на грудном вскармливании. В другом археологическом образце были выявлены спирохеты, также обнаруживаемые в кишечнике у детей, живущих в далеких африканских селениях, но никогда у городских детей или взрослых.

Общий вывод публикации таков: современная жизнь успела наложить отпечаток на микробиом кишечника человека.

"Древние микробиомы были отличны от микробиомов современных горожан, но имеют большое сходство с микробиомами людей, живущих в далеких от цивилизации районах", заключают авторы.