Новая техника диагностирует наличие любого вируса по одному образцу крови

Фото: Shutterstock
23 сентября 2015 года, 10:17
Комментировать

Вирусологи из нью-йоркского Колумбийского университета (Columbia University) разработали уникальную технику обнаружения вирусов у человека и животных: она быстро и эффективно определяет наличие одного из многих тысяч известных вирусов. При этом врачу даже не нужно формулировать предварительные гипотезы о том, какой инфекционный агент вызывает состояние пациента.

Например, недавний случай одного из авторов работы Иэна Липкина (Ian Lipkin) – диагностика по анализу крови человека, которому пересадили костный мозг, после чего он заболел. Ему не могли поставить диагноз, но было очевидно, что у него крайне сильно воспалены сосуды. Несколько лет назад Липкин анализировал подобный случай, и открыл тогда новый полиомавирус. Он думал, что, возможно, здесь речь также пойдет о новом, неизвестном вирусе. Однако все оказалось не так: при обработке анализа с помощью новой системы выяснилось, что у мужчины вирус денге. В этом была логика, поскольку пациент не так давно посещал Вьетнам, где денге достаточно распространен. Но очень важно, что ученые даже не думали искать в его крови денге. «Когда проверяют образцы крови больных, обычно действуют в соответствии с гипотезой. Может быть, это энтеровирус. Может быть, это вирус герпеса. В соответствии с этой догадкой выбирается и сам анализ – тот, что предназначен для конкретного инфекционного агента. Обычно нет возможности искать максимально широко», – объясняет Липкин.

Новая система – VirCapSeq-VERT – свободна от этих ограничений. Липкин и коллеги создали инструмент для универсальной проверки на все известные человеческие вирусы. Она объединяет преимущества секвенирования ДНК (которая предельно точно определяет вирус по его генам, но страдает от чувствительности к присутствию генов носителя) и ПЦР (которая снимает проблему чувствительности, но каждый раз требует какой-то внятной гипотезы). Образно ее действие напоминает рыбалку невероятных масштабов: два миллиона «крючков», рассчитанных на разные вирусы и их вариации, опускаются в образец крови. Затем все, что «зацепилось» за эти крючки, подвергается секвенированию, и вы получаете расшифровки генома всех присутствующих в крови вирусов.

Система протестирована на определение вирусов Эбола, денге, гриппа и MERS, причем не только по образцам крови, но и тканей и других жидкостей, и даже по образцу кала летучей мыши. Во всех случаях VirCapSeq-VERT успешно определяла вирусы, даже если их присутствие было минимальным.

Поскольку в результате применения техники получаются полные геномы вирусов, исключены ложноположительные результаты. Параллельно можно увидеть мутации, которые претерпел геном вируса, и которые могли бы помешать его традиционной диагностике и лечению. Потенциально система способна показать и присутствие новых вирусов. «Мы вероятно не найдем ничего совершенно нового, но можем обнаружить все, что в пределах 60%-ного сходства с представленными в нашей библиотеке вирусами», – говорит Липкин.

Кроме того, можно анализировать данные сразу нескольких пациентов – до 21 человека одновременно. Это позволяет существенно экономить на анализах. 

Источник:

Ian Lipkin, a virus hunter from Columbia University, recently received a blood sample from colleagues at the National Institutes of Health. They came from a man who had received a bone-marrow transplant and had fallen mysteriously ill, with evidence of severely inflamed blood vessels. In analyzing a similar case a few years back, Lipkin had discovered a new polyomavirus, part of a family that can cause disease in people with compromised immune systems. Perhaps this new case would yield another new virus. It didn't. Instead, when Lipkin's team ran the sample through a system that they had devised to detect human viruses, they found that the man was infected with dengue virus. In hindsight, that made sense—he had recently returned from Vietnam, where dengue is prevalent. But the thing is: The team wasn't looking for dengue virus.

The Atlantic
Поделиться

Комментарии (2)

  • 28.09.2015 23:05

    Serega

    И когда же эта чудесная методика будет претворяться в жизнь?

  • 25.11.2015 07:09

    Мбвангу Русский

    Опять проклятые пендосы украли у святорусичей открытие! Наш великий святорусский ученый Иван Иванов открыл это открытие еще 150 лет назад, но ему не дали....

Через полгода работа в системе маркировки лекарств будет являться лицензионным требованием.
"Аборт не обязательно опасен или вреден для женщин, а вот отказ в аборте – может быть таковым"
Хоть польза пребывания на природе давно очевидна, конкретный цифры ранее вычислить не удавалось
Курильщики лишаются зрения в два раза чаще, чем некурящие
Будьте аккуратнее с двадцать шестой чашкой