Хламидиоз может сочетаться с другими инфекциями, передающимися половым путем: гонореей, сифилисом, трихомонозом, генитальным герпесом, бактериальным вагинозом и другими.
Хламидиоз может вызывать осложнения беременности, эктопическую беременность, преждевременные роды и выкидыши, а также передаваться ребенку внутриутробно или при рождении и вызывать у малыша конъюнктивит и пневмонию.