Институт является головным учреждением Научного совета по эпидемиологии, инфекционным и паразитарным заболеваниям, созданного совместным приказом МЗ и РАМН, осуществляющего координацию и экспертизу научно-исследовательских работ в России по проблемам эпидемиологии и инфекционной патологии.